حضور چندین میلیون مهاجر افغانستانی در ایران سال‌هاست که ادامه دارد. هرچند این حضور مزایایی مانند تأمین نیروی کار ارزان را برای برخی صنایع به همراه داشته، اما در مقابل تهدید‌های امنیتی، سیاسی، فرهنگی و اقتصادی نیز به وجود آورده است که می‌تواند در آینده برای امنیت ملی ایران چالش‌آفرین باشد. باتوجه به شرایط افغانستان و نفوذ گروه‌هایی مانند طالبان و داعش، یکی از تهدید‌های جدی امنیتی، احتمال نفوذ عناصر افراطی در میان جمعیت مهاجران است. سابقه برخی حوادث تروریستی در ایران که ردپای برخی اتباع افغانستانی در آن مشاهده شده، نشان می‌دهد که این موضوع نیازمند مدیریت دقیق است. گزارش‌ها نشان می‌دهد که درصد قابل‌توجهی از جرائم، از جمله سرقت، قاچاق مواد مخدر و درگیری‌های اجتماعی در برخی مناطق، توسط اتباع افغانستانی رخ داده است.
از طرفی افزایش جمعیت افغانستانی‌ها در برخی استان‌های ایران مانند خراسان رضوی، قم و تهران، احتمال تقویت هویت قومی و درخواست حقوق ویژه از سوی این جمعیت وجود دارد. در آینده، این امر می‌تواند به منازعات اجتماعی و حتی مطالبات تجزیه‌طلبانه منجر شود.
یکی از پرسش‌های اساسی این است که چرا دولت ایران قادر به کنترل مرز‌های خود با افغانستان نیست و مهاجران غیرقانونی به‌راحتی وارد کشور می‌شوند. در پاسخ به این پرسش عوامل مختلفی را می‌توان بیان کرد از جمله اینکه ایران دارای مرز طولانی و ناهموار با افغانستان است که کنترل کامل آن نیاز به تجهیزات پیشرفته و نیروی انسانی گسترده دارد. با توجه به فشار‌های اقتصادی و تحریم‌ها، دولت ایران توان لازم برای ایجاد نظارت همه‌جانبه را ندارد. از سوی دیگر پس از روی کار آمدن طالبان، ایران روابط حساسی با این گروه دارد. برخی تحلیلگران بر این باورند که عدم برخورد سخت‌گیرانه با مهاجران افغان بخشی از سیاست‌های دیپلماتیک ایران برای حفظ تعامل با حکومت جدید افغانستان است. این نکته را نیز نباید نادیده گرفت که برخی جریان‌های اقتصادی، از جمله صاحبان صنایع و کارگاه‌های ساختمانی، از نیروی کار ارزان افغانستانی بهره می‌برند و این موضوع موجب کاهش اراده برای سخت‌گیری در کنترل ورود مهاجران شده است. اما شاید دلیل اصلی وجود اختلاف نظر در میان نهاد‌های تصمیم‌گیر ایران، درباره نحوه برخورد با مهاجران افغان باشد. برخی نهاد‌ها از سخت‌گیری بیشتر حمایت می‌کنند، در حالی که برخی دیگر، به دلایل دینی، سیاسی و اقتصادی معتقدند که حضور مهاجران می‌تواند به نفع کشور باشد.
نکته قابل توجه در میان مهاجران افغانستانی درایران میزان بالای زاد و ولد، به‌ویژه در مقایسه با نرخ رشد جمعیت ایران است که می‌تواند در طول زمان ترکیب جمعیتی برخی استان‌ها را تغییر دهد. این امر در بلندمدت ممکن است منجر به تضعیف فرهنگ و هویت ایرانی و گسترش فرهنگ و زبان متفاوت شود. حضور گسترده دانش‌آموزان افغانستانی در مدارس ایران، ضمن ایجاد فشار بر سیستم آموزشی، ممکن است باعث بروز اختلافات هویتی و زبانی میان دانش‌آموزان ایرانی و افغانستانی شود. برخی از خانواده‌های افغانستانی تمایل دارند فرزندانشان زبان و فرهنگ خود را حفظ کنند، که این موضوع می‌تواند به دوگانگی فرهنگی در ایران منجر شود.
همانطور که گفته شد ادامه روند افزایش جمعیت افغانستانی‌ها در ایران، به‌ویژه با نرخ زاد و ولد بالاتر از متوسط نرخ باروری ایرانی‌ها، طی دهه‌های آینده منجر به تغییرات ژئو-اجتماعی قابل توجهی خواهد شد. از این جهت باید هشدار داد که در صورت عدم اتخاذ سیاست‌های کنترلی، احتمال دارد در برخی استان‌ها، جمعیت افغانستانی‌ها به‌عنوان یک گروه پرجمعیت و تأثیرگذار مطرح شوند و در آینده، مطالبات سیاسی و اجتماعی جدیدی را مطرح کنند.
افغانستانی‌ها عمدتاً در مشاغل کارگری، ساختمانی و کشاورزی فعالیت دارند. هرچند که این مشاغل از سوی بسیاری از ایرانی‌ها پذیرفته نمی‌شود، اما در شرایط رکود اقتصادی، حضور گسترده نیروی کار خارجی می‌تواند فرصت‌های شغلی را برای کارگران داخلی محدود کند و موجب کاهش دستمزد‌ها شود. این درحالی است که ارسال پول توسط مهاجران افغانستانی به کشور خود، موجب خروج حجم بالایی از ارز از ایران می‌شود. این موضوع در شرایط تحریم و کمبود منابع ارزی می‌تواند فشار اقتصادی بیشتری را بر کشور وارد کند. همچنین، بهره‌مندی گسترده مهاجران از یارانه‌های سوخت، نان و خدمات درمانی، هزینه‌های عمومی دولت را افزایش می‌دهد.
به همین دلیل باید با جلوگیری از ورود مهاجران غیرقانونی و مدیریت سخت‌گیرانه‌تر مرز‌ها و جلوگیری از اعطای تابعیت بدون ضابطه و وضع قوانین سخت‌گیرانه برای اقامت طولانی‌مدت مهاجرین افغانستانی، مانع بروز مشکلات امنیتی، فرهنگی و اقتصادی در آینده شد.
